吸附大孔樹脂保存的要求是不失水，去離子水浸泡于陰涼處密封保存，在5-40℃的溫度環境中，可以避免水中雜質吸附。如果吸附大孔樹脂已經預處理好，沒有必要再加酒精浸泡來除雜了。如若不小心脫了水干掉了，應先用濃食鹽水(約10%)浸泡，再逐漸稀釋，不得直接放于水中，以免樹脂急劇膨脹而破碎。
未用過離子交換樹脂的保存方法：
在長期儲存中，或需在停用設備內長期存放，強型樹脂(強酸性和強堿性樹脂)應轉為鹽型，弱型樹脂(弱酸性和弱堿性樹脂)可轉為相應的氫型或游離胺型，也可轉變為鹽型，以保持樹脂性能的穩定。然后浸泡在潔凈水中。
停用設備若須將水排去，則應密封，以防樹脂中水份散失。離子交換樹脂內含有一定的平衡水份，在儲存和運輸中應保持濕潤，防止脫水。樹脂應儲存在室內或加遮蓋，環境溫度以5℃-40℃為宜。袋裝樹脂應避免直接日曬，遠離鍋爐、取暖器等加熱裝置，避免脫水。
若發現樹脂已有脫水現象，切勿將樹脂直接放于水中，以免干樹脂遇水急劇溶脹而破碎。應根據其脫水程度，用10%左右的食鹽水慢慢加入到樹脂中，浸泡數小時后用潔凈水逐步稀釋。當環境溫度在0℃或以下時，為防止樹脂因內部水份結冰而崩裂，應做好保溫措施，或根據氣溫條件，將樹脂存于相應濃度的食鹽水中，防止冰凍。若發現樹脂已凍，則應讓其緩慢自然解凍，切不可用機械力施于樹脂。
使用過的離子交換樹脂保存方法：
長期停用而放置在交換器內的樹脂，為防止微生物(如藻類、細菌等)對樹脂的不可逆污染，樹脂在停用前須徹底反洗，以除去運行時積聚的懸浮物質，并注意定期沖洗和換水。
陰樹脂：用3倍樹脂體積的10% NaCl + 2% NaOH混合液分兩次通過樹脂層，每次靜止浸泡數小時，然后將其排去。如有必要，在重新啟動前用2倍樹脂體積的0.2%過氧化氫(H2O2)溶液淋洗樹脂層。
陽樹脂：在陽離子交換器及管系內可充入0.5%的甲醛溶液，并在停用期間保持此濃度。也可用食鹽水浸泡。在設備重新啟動前用0.2%過氧化氫或0.5%甲醛溶液淋洗。
